舌下囊肿疼痛可能是由于舌下腺导管堵塞、舌下腺损伤、舌下腺炎或舌下腺恶性肿瘤引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.舌下腺导管堵塞

由于各种原因导致唾液分泌不畅，致使舌下腺导管内压力增高而发生炎症反应。可遵医嘱使用抗生素如青霉素、头孢菌素等缓解不适症状。

2.舌下腺损伤

外伤可能导致舌下腺受损，引起局部红肿和疼痛。如果是由外伤引起的，可以考虑冷敷来减轻肿胀和疼痛。

3.舌下腺炎

舌下腺炎通常由感染引起，会导致舌下区域出现红肿、疼痛等症状。患者可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、克林霉素磷酸酯片等药物进行抗感染治疗。

4.舌下腺恶性肿瘤

舌下腺恶性肿瘤是发生在舌下腺的恶性肿瘤，肿瘤压迫周围组织结构时会引起疼痛。针对舌下腺恶性肿瘤，手术切除是最常见的治疗方法，例如舌下腺切除术。

建议定期复查以监测病情变化，必要时还可配合医生通过超声波成像、磁共振成像等方式评估病变范围和深度。