肛门长黑包痘痘且疼痛的症状可能源于痔疮或毛囊炎。

痔疮通常由于长期便秘、久坐等原因引起肛门血管壁压力增高而形成，当其发生血栓或破裂时会引起疼痛及黑色物质排出；毛囊炎则多因金黄色葡萄球菌等病原体侵袭毛囊所致，在炎症刺激下会出现局部红肿、疼痛以及化脓现象。这两种疾病都可能导致肛门区域出现异常变化，因此需要通过专业医生评估来区分并给予适当处理。

如果患者还伴有瘙痒症状，则可能是尖锐湿疣引起的。此外，也不排除是恶性肿瘤导致的，比如肛管癌或者直肠癌。

在诊断明确前，应避免食用辛辣刺激性食物，保持肛周清洁干燥，并注意休息以减轻不适。