十三岁女孩卵巢囊肿可能是功能性囊肿、子宫内膜异位囊肿、卵巢肿瘤、激素水平失调、遗传因素等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.功能性囊肿

功能性囊肿通常由于卵泡没有正常发育或排卵导致，在激素作用下形成非恶性的液体填充结构。对于功能性囊肿，一般无需特殊处理，定期复查即可。

2.子宫内膜异位囊肿

子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，当具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔以外的位置时，就有可能出现卵巢巧克力囊肿。主要是因为具有生长功能的子宫内膜细胞随着经血逆流种植在卵巢表面并继续生长、浸润和扩散的结果。患者可以在医生指导下使用孕三烯酮、醋酸甲羟孕酮等药物进行治疗。

3.卵巢肿瘤

卵巢肿瘤可能由多种原因引起，如遗传、内分泌紊乱等，导致卵巢上皮细胞异常增生，进而形成肿瘤。手术切除是治疗卵巢肿瘤的主要方法，包括腹腔镜手术、开腹手术等。

4.激素水平失调

激素水平失调可能导致卵巢组织过度增生，从而形成囊性结构。调整生活方式，保持规律作息和均衡饮食，有助于改善激素水平。必要时可遵医嘱服用炔雌醇环丙孕酮片、左炔诺孕酮片等激素类药物调节内分泌。

5.遗传因素

如果家族中存在卵巢癌病史，则个体患卵巢囊肿的风险增加。针对遗传性风险，建议定期进行盆腔超声检查以及CA125检测，以便早期发现病变。

针对十三岁女孩的卵巢囊肿，应关注月经周期的变化以及任何异常阴道出血。建议进行盆腔超声检查以评估囊肿性质，并监测其大小变化。