化脓性腮腺炎与流行性腮腺炎不同，前者为细菌感染，后者为病毒感染。
化脓性腮腺炎是由金黄色葡萄球菌、链球菌等细菌侵袭腮腺所引发的急性化脓性炎症，常表现为腮腺肿胀、疼痛、发热等症状；而流行性腮腺炎是由腮腺炎病毒引起的呼吸道传染病，主要症状包括腮腺肿胀、疼痛以及全身不适感。两者的病因、临床表现及治疗方法均不相同，因此属于不同的疾病。
此外，还应考虑慢性复发性腮腺炎的可能性，其可能由免疫功能低下或长期口腔卫生不佳引起，需密切监测病情变化。
在诊断化脓性腮腺炎时，应通过实验室检查如血常规和病原体培养来确定是否存在细菌感染，以区分化脓性腮腺炎和其他类似疾病。
