做完痔疮肛瘘手术后出现肩膀疼痛可能是术后并发症、继发感染等原因导致的。

术后并发症：如果在做痔疮肛瘘手术的过程中操作不当或者是术后没有做好护理工作，则有可能会导致伤口部位受到细菌侵袭发生炎症反应，进而引发疼痛的情况。此时还可能会伴有发热的症状，严重者甚至会出现脓肿的现象。

继发感染：如果患者本身存在痔疮肛瘘疾病，在患病期间由于机体免疫力下降，容易受到细菌或者病毒入侵而发生感染现象，如果不及时处理则会加重病情的发展，当病变范围扩大至肛门以外时，就会出现上述症状。

此外，患者可能因为长时间保持一个姿势或坐姿不良引起肌肉劳损，从而感到肩部不适。这种情况通常与手术无关，但需要避免过度使用受影响区域以促进恢复。

术后患者应密切观察肩部及切口处的变化，若疼痛持续不缓解或加剧，应及时告知医生，并完善相关检查明确原因。日常生活中还要注意休息，避免剧烈运动，以免影响身体恢复。