牙周炎不会直接引起扁桃体肿痛。

牙周炎通常由局部因素如牙菌斑、牙石等长期刺激引起，主要表现为牙龈红肿、出血、疼痛等症状，不涉及扁桃体区域。若患者在治疗过程中使用了抗生素，可能导致口腔内正常菌群失调，进而诱发口腔溃疡等问题，但并不会直接影响到扁桃体。

如果患者同时存在慢性咽炎或急性咽峡炎，此时炎症因子可能会通过淋巴系统扩散至扁桃体部位，从而引发肿痛症状。

因此，在诊断牙周炎时，应考虑是否存在与之相关的全身性疾病，并注意观察是否伴有扁桃体肿痛等其他症状。建议定期进行口腔卫生检查和维护，以减少并发症的风险。