药物流产后发烧头疼可能是由感染引起的。

药物流产后机体免疫状态下降，易受病原体侵袭，导致生殖道局部防御功能减弱，从而增加感染的风险。

若未及时发现并处理感染，随着病情进展，可能出现发烧、头疼等不适症状。

如果患者出现持续高烧不退或伴有严重腹痛等症状，则需考虑是否发生了流产不全或其他并发症。这些情况需要紧急就医以获得适当的治疗。

在药物流产过程中，女性应注意观察自身症状变化，若出现异常表现，应立即就医以便于评估身体状况并采取相应措施。