两边肾疼小便刺痛可能是由肾盂肾炎、输尿管炎、膀胱炎、尿道结石或肾结核引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.肾盂肾炎

肾盂肾炎是由细菌感染引起的肾脏炎症，会导致肾部疼痛和尿液异常。因为病原菌侵入泌尿系统后会对局部黏膜产生刺激作用，进而引起肾区绞痛、排尿困难等症状。患者可在医生指导下使用抗生素进行抗感染治疗，如头孢曲松钠、左氧氟沙星等。

2.输尿管炎

输尿管炎是输尿管壁的炎症反应，由于炎症因子刺激周围组织而出现腰腹部疼痛的症状，同时可伴有血尿、发热以及恶心呕吐等情况的发生。患者需要遵医嘱服用非甾体类抗炎药缓解不适症状，常用药物有布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等。

3.膀胱炎

膀胱炎通常由细菌感染引起，当炎症累及膀胱时会引起膀胱痉挛性收缩，从而导致肾区放射性疼痛的情况发生。还可能会伴随尿频、尿急、尿痛等不适症状。针对膀胱炎所致的肾区疼痛，建议患者及时就医，在医生指导下口服阿莫西林胶囊、盐酸环丙沙星片等抗生素进行抗感染治疗。

4.尿道结石

尿道结石是指结石堵塞尿道，若结石移动则可能损伤尿路黏膜，引起剧烈的肾绞痛和尿道刺痛感。此外，还可能出现血尿、尿流中断等症状。对于较小的尿道结石，可通过大量饮水促进结石排出；对于较大的结石，则需采取手术方式取出，例如经尿道镜取石术、耻骨上切开取石术等。

5.肾结核

肾结核是一种继发于肺结核的疾病，结核分枝杆菌通过血液传播至肾脏，导致肾实质破坏和感染。典型表现为午后低热、盗汗、乏力、食欲减退等症状，严重者会出现双侧肾萎缩，影响肾功能，此时就会出现肾区疼痛、尿频、尿急、尿痛、血尿等症状。患者可以在医生指导下使用异烟肼、利福平等抗结核药物进行治疗。

患者应保持良好的个人卫生习惯，以减少尿路感染的风险。建议定期进行尿常规、尿培养、肾功能检测等检查项目，以便早期发现并处理相关问题。