根尖囊肿刮治不彻底可能留下病灶，导致复发。

根尖囊肿是由慢性炎症引起的，刮治可以去除大部分病变组织，但无法完全消除炎症源。

因此，如果刮治不彻底，残留的炎症细胞和组织可能会再次增生形成囊肿。此外，手术过程中可能存在遗漏或难以到达的微小病灶，这些部位在刮治时可能未被发现或清除，随着时间的推移，它们可能会发展成新的囊肿。为了预防复发，建议定期复查，并遵循医生的建议进行适当的治疗和管理。

若患者术后存在局部感染控制不佳、软组织损伤等情况，则可能导致囊肿复发的风险增加。

根尖囊肿是一种常见的口腔疾病，患者应保持良好的口腔卫生习惯，定期复诊以监测病情变化。如有不适症状应及时就医处理。