三个月宝宝咳嗽可以在医生指导下服用止咳化痰类药物进行治疗。

三个月宝宝咳嗽多为生理现象，但如果伴有其他症状，则可能需要药物干预。止咳化痰类药物能够缓解咳嗽症状，但具体用药还需依据患儿的具体情况由医师指导。

如果咳嗽伴随呼吸急促、发热或食欲减退等症状，可能是感染引起的，应遵医嘱使用抗生素治疗，如阿莫西林克拉维酸钾干悬混剂、头孢克肟颗粒等。

在处理三个月宝宝咳嗽时，家长应注意观察病情变化，避免给宝宝滥用抗生素，并确保充足的休息和适当的水分摄入以促进恢复。