肾移植手术中，如果患者的萎缩肾没有功能性或者对患者的整体健康状况没有明显影响，一般不会被切除。
肾移植旨在为患有严重肾脏疾病或尿毒症的患者提供新的、健康的肾脏来源。
对于无功能的萎缩肾，由于其已经丧失了正常的泌尿功能，因此没有必要在移植过程中对其进行移除，以免增加手术风险和不必要的医疗费用。但是，为了确保移植肾能够顺利植入并发挥正常功能，需要仔细评估患者是否存在可能影响移植成功的潜在因素，如感染、免疫状态等。
如果萎缩肾存在感染或其他并发症，则需先治疗原发疾病再行肾移植；若患者有双侧肾衰竭，则可考虑使用一个供体肾脏来匹配两侧受损程度。
在决定是否切除萎缩肾时，应综合考虑患者的病情、身体状况以及手术风险，并遵循专业医生的意见以确保比较好治疗效果。同时，应注意定期监测肾功能指标，避免加重肾脏负担，促进术后恢复。
