多囊肾是一种先天性遗传性疾病，与遗传基因有关，通常较难治愈。因此多囊肾患者应注意避免感染和肾毒性药物的使用，避免应用可能会加重肾脏损害的药物等，但药物一般没有治疗多囊肾的作用。
1、预防感染：多囊肾患者容易出现呼吸道感染，尤其是冬季，因此应注意预防呼吸道感染，可以通过注射流感疫苗、肺炎链球菌疫苗等，减少冬季流感和呼吸道感染的发病率;
2、控制高血压：有高血压的患者，应根据血压情况，应用降压药物控制血压，如硝苯地平、厄贝沙坦、氨氯地平等。如果血压控制良好，可延缓多囊肾的进展，甚至不会发展为肾衰竭;
3、降血脂：血脂升高可能会加速多囊肾的进展，因此应在医生指导下，使用瑞舒伐他汀、阿托伐他汀、非诺贝特等药物，降低血脂，以延缓多囊肾的发展;
4、延缓肾功能进展：当多囊肾发展至终末期时，可能会出现肾衰竭、尿毒症。因此应定期进行血液透析、腹膜透析，以延缓肾功能的进展，延长患者的生存时间。
除此之外，如果多囊肾患者出现水肿，可应用呋塞米、托伐普坦等利尿剂，如果出现高血压，可应用钙通道阻滞剂，如硝苯地平、氨氯地平等，以控制血压。如果出现贫血，可应用重组人红细胞生成素、铁剂等，来纠正贫血。如果有高血压，可应用血管紧张素转化酶抑制剂，如卡托普利、依那普利等，可改善肾小球的高滤过和高压状态，延缓多囊肾的发展。
