先天性直肠肛门畸形最常见并存的畸形是直肠前庭瘘，可采取直肠前庭瘘、肛门狭窄、巨结肠症、小肠闭锁与肠狭窄、先天性巨球蛋白血症等治疗措施进行治疗。

1.直肠前庭瘘

直肠前庭瘘是指直肠与前庭之间的异常通道，通过手术如经会阴肛门成形术来修复。此方法适用于存在明显症状且影响生活质量的患者。

2.肛门狭窄

肛门狭窄可能需要采取扩肛术等手术以改善排便困难。对于先天性肛门发育不全导致的排便障碍具有一定的效果。

3.巨结肠症

巨结肠症通常采用营养支持疗法、肠道微生物调节剂等非手术治疗手段为主。针对新生儿及轻度病例，可考虑使用益生菌制剂调整肠道微生态环境。

4.小肠闭锁与肠狭窄

小肠闭锁与肠狭窄需采用肠切除吻合术等外科手术治疗。当上述并发症引起严重消化吸收障碍时，手术是必要的。

5.先天性巨球蛋白血症

先天性巨球蛋白血症是一种罕见疾病，需要应用环磷酰胺等免疫抑制剂进行化疗。主要针对遗传性免疫缺陷引起的免疫系统功能紊乱。在医生指导下用药。

先天性直肠肛门畸形是一种复杂的先天性疾病，需要多学科团队综合管理。除上述提及的治疗方法外，还需定期监测生长发育指标，并根据具体情况考虑是否需要心理评估和咨询。