脑室黄色肉芽肿的治疗可以考虑脑室引流、抗真菌治疗、免疫调节治疗、激光治疗、放射治疗等方法。鉴于该疾病可能伴随严重的神经系统并发症，建议在专业神经外科医师的指导下进行治疗。

1.脑室引流

脑室引流通过移除脑室内积聚的液体来缓解压力，可能涉及使用脑室穿刺针或导管插入术。此方法用于缓解由脑室扩大引起的症状如头痛、呕吐等。

2.抗真菌治疗

抗真菌治疗旨在消除引起脑室黄色肉芽肿的真菌感染，常用氟康唑或伊曲康唑口服。适用于真菌性脑膜炎导致的脑室异常情况。

3.免疫调节治疗

免疫调节治疗可帮助控制机体对异物的过度反应，常选用甲泼尼龙静脉注射。对于自身免疫性疾病引起的脑室炎症有益。

4.激光治疗

激光治疗利用高能量光束局部摧毁异常组织，精确度高且损伤周围正常组织风险小。可用于针对特定部位的良性病变如脑室壁上的小型肉芽肿。

5.放射治疗

放射治疗通过高能射线杀死癌细胞，对于某些类型的脑肿瘤有效。若患者有恶性肿瘤导致的脑室受压，可考虑放射治疗。

在实施脑室黄色肉芽肿的治疗过程中，应密切监测患者的病情变化及可能出现的并发症。必要时，需及时转诊至神经外科或相关专科医师进行进一步诊治。