新生儿自身免疫性疾病筛查通常包括血清肌酸激酶、甲状腺功能测定、抗核抗体检测、红细胞自身抗体检测、染色体分析等医学检查项目。鉴于自身免疫性疾病涉及多种复杂情况，建议及时就医以获取专业评估和治疗。

1.血清肌酸激酶

通过测量血液中肌酸激酶水平来评估是否存在肌肉损伤或炎症。采集静脉血样后，在实验室中分离并测定血液中的肌酸激酶含量。

2.甲状腺功能测定

通过检测甲状腺激素水平和促甲状腺素水平来判断是否存在自身免疫性甲状腺炎。空腹状态下抽取血液样本，随后送至检验室进行检测。

3.抗核抗体检测

抗核抗体是针对细胞核内结构的自身抗体，高水平可能与自身免疫性疾病有关。通常采用ELISA法在无菌条件下从患者体内提取血清，然后加入已知浓度的抗原孵育一定时间后洗去未结合的物质，再加入酶标记的第二抗休育一段时间后加入底物显色。

4.红细胞自身抗体检测

自身红细胞上的IgG、C3等成分出现异常增多时，可导致溶血性贫血的发生。一般采取肘正中静脉穿刺采血，将血液离心后取上层血浆进行检测。

5.染色体分析

染色体异常可能导致遗传代谢疾病，影响免疫系统的发育和功能。常规方法包括G显带技术、FISH技术等，需要从胎儿细胞中提取DNA进行分析。

以上各项检查前，应避免进食含碘食物至少8小时，以免干扰甲状腺功能测定结果。