月经结束后仍有褐色分泌物且伴有腹痛可能是子宫内膜炎导致的。

月经期间，子宫内膜会剥落，如果此时存在细菌感染，可能会引起子宫内膜炎。炎症会导致子宫内膜组织受损，进而引发褐色分泌物，并刺激子宫收缩，产生腹痛的症状。

此外，宫颈息肉、子宫肌瘤等疾病也可能引起上述症状。

这些疾病都可能导致子宫内膜出血或组织脱落不完全，从而在月经后出现褐色分泌物和腹痛的现象。

针对此类情况，建议患者及时就医，以便进行妇科检查和必要的影像学评估，以确定具体原因并接受适当治疗。保持阴道卫生，避免过度清洗和使用刺激性洗液，以免影响自然微生态平衡。