自身免疫性脑炎的后遗症包括认知障碍、情绪波动、癫痫发作、运动障碍和自主神经功能紊乱，这些症状可能需要专业医生的评估和治疗。

1.认知障碍

自身免疫性脑炎主要是由于机体针对中枢神经系统抗原产生异常免疫应答导致的，这些抗原包括神经元表面蛋白。当免疫系统错误地攻击这些神经元时，会导致大脑功能受损，进而影响认知能力。这种认知障碍可能表现为记忆力减退、思维迟钝等，严重者可出现人格改变和情感淡漠。

2.情绪波动

自身免疫性脑炎中，免疫细胞会攻击大脑中的神经递质受体，导致神经递质平衡失调。去甲肾上腺素和多巴胺是两种与情绪调节密切相关的神经递质，其浓度的变化会引起情绪的波动。患者可能会经历从极度悲伤到过度兴奋的各种情绪状态，这些情绪变化可能是突然发生的，且难以控制。

3.癫痫发作

自身免疫性脑炎中的免疫反应可能导致神经元过度放电，从而引发癫痫发作。这是由于免疫系统的异常活动导致神经元之间的电信号传导异常所致。癫痫发作通常表现为短暂的意识丧失、肢体抽搐等症状，在某些情况下可能会持续数分钟。

4.运动障碍

自身免疫性脑炎中的免疫攻击可能损伤大脑皮层或基底节区，这两个区域与运动协调有关。受损的神经元会影响肌肉控制和运动规划，导致运动障碍。患者可能出现肌张力增高、震颤、行走不稳等症状，有时甚至会出现瘫痪。

5.自主神经功能紊乱

自身免疫性脑炎中的免疫攻击可能损害交感神经系统或迷走神经，这两种神经负责调节自主神经功能。受损的神经无法正常调节心率、血压和其他生理过程，导致自主神经功能紊乱。患者可能出现心悸、出汗过多或过少、尿频、便秘等症状，这些症状可能因人而异。

针对自身免疫性脑炎的后遗症，可以进行头颅MRI、脑脊液分析以及血液学检查来评估病情。治疗措施主要包括免疫调节治疗如静脉注射免疫球蛋白或口服免疫抑制剂。患者需注意定期复查，监测病情进展，避免疲劳，保持规律的生活作息，保证充足的睡眠时间，以利于身体恢复。