先天性肛门畸形的手术费用因个体差异而异，通常在5000元至20000元之间，具体费用取决于肛门畸形的复杂程度。

先天性肛门畸形是指肛门部位解剖结构异常，包括直肠闭锁或瘘管形成等，需通过手术治疗。如果患者只是轻微的肛门畸形，没有其他并发症，那么手术难度较小，所需费用也会相应降低。对于复杂的肛门畸形病例，例如伴有严重括约肌功能障碍或合并有肠道梗阻等情况，则会导致手术难度增加，从而导致手术成本上升。

先天性肛门畸形是一种较为特殊的疾病，建议患者术后定期复查以评估恢复情况，并注意保持局部清洁卫生，避免感染。