新生儿肛门闭锁手术后可能有轻度的暂时性不适症状，但通常不会出现严重的后遗症。

肛门闭锁手术旨在重建肠道连续性，恢复正常排便功能。虽然手术本身存在一定的风险和并发症可能性，但规范的医疗操作和适当的术后管理可显著降低发生严重后遗症的概率。轻微不适可能是手术部位愈合过程中的正常反应，一般会在数周内自行缓解。

如果新生儿在肛门闭锁手术中伴随有直肠黏膜脱垂或巨结肠等疾病，则可能会增加术后可能出现便秘、腹泻等问题的风险。

术后家长应注意观察孩子的排便情况，并遵循医嘱进行定期复查和随访，以确保恢复良好。必要时，应咨询专业医生的意见，避免因不当护理导致的潜在后遗症。