新生儿结膜炎可能会反复发作。

结膜炎是眼结膜受到外界刺激而引发的炎症性病变，具有一定的传染性，可通过接触传播。如果未采取有效的隔离措施，会导致病原体持续存在于环境中，并通过直接或间接接触传播给他人，从而出现反复发作的情况。

此外，若新生儿在治疗期间未能完全遵循医嘱完成药物疗程、存在免疫功能低下或其他慢性疾病等，都可能增加结膜炎复发的风险。

因此，在新生儿患有结膜炎时，家长应注意保持宝宝眼部卫生，避免接触可能导致感染的因素，并按医生建议使用抗生素滴眼液以减少复发风险。