肺孢子菌肺炎可以遵医嘱使用甲氧苄啶、磺胺甲恶唑、环丙沙星、克林霉素、阿奇霉素等药物进行治疗。由于肺孢子菌肺炎是一种严重的呼吸系统疾病，建议患者在专业医生的指导下使用药物，以确保安全有效地治疗。

1.甲氧苄啶

甲氧苄啶适用于敏感细菌引起的尿路感染、中耳炎等。该药物能增强磺胺类药物的抗菌活性。

服用时需监测肾功能，避免与其他可能导致骨髓抑制的药物共用。

2.磺胺甲恶唑

磺胺甲恶唑可用于治疗由耐药性葡萄球菌所导致的肺部感染。本品为磺胺类广谱抑菌剂，可与PABA竞争性作用于细菌体内的二氢叶酸合成酶，干扰细菌的生长繁殖。使用时应警惕溶血性贫血的发生，特别是新生儿和早产儿。

3.环丙沙星

环丙沙星对于革兰氏阴性杆菌所致的肺部感染有较好的疗效。其通过抑制细菌DNA旋转酶的活性，阻碍细菌DNA的复制。肝功能不全者慎用，严重肝硬化时易出现中毒症状，应减量应用。

4.克林霉素

克林霉素适用于厌氧菌及某些需氧菌引起的肺部感染。本品可透过细菌细胞膜，主要与细菌核糖体50S亚基结合，抑制肽链的增长和（或）阻止细菌蛋白质的合成。口服可能引起恶心呕吐等胃肠道反应，因此建议饭后服用以减少不适感。

5.阿奇霉素

阿奇霉素对多种细菌包括非典型病原体如支原体、衣原体等具有抗菌作用，故也可用于此类病原体导致的肺部感染。本品可与细菌核糖体50S亚基结合，抑制细菌所需要的蛋白合成。本品宜空腹口服，因食物可延迟其吸收。治疗急性淋球菌感染时应加服大量水以减少副作用。

患者可在医生指导下服用上述药物进行治疗。在治疗肺孢子菌肺炎期间，应注意休息，保持充足睡眠，有助于身体恢复。同时还要注意个人卫生，勤洗手，以免交叉感染。