做完肛瘘手术后肛门痛，与手术刺激、肛门水肿、肛门痉挛、肛门感染等因素有关。如果无法自行区分，建议尽快前往正规医院就诊，明确诊断后，进行干预，例如药物治疗、手术治疗等。

1、手术刺激：一般是手术后切口刺激导致的疼痛，与痔疮手术无关。多久能恢复与痔疮手术创伤的大小、手术方式等因素有关，一般创伤越大，疼痛时间越长，而且疼痛有时也比较剧烈。临床上可以使用硫酸镁溶液湿敷，或者使用复方角菜酸酯栓、双氯芬酸钠栓等药物缓解疼痛;

2、肛门水肿：痔疮术后如果出现水肿，也可能导致肛门疼痛，与肛瘘手术无关。一般术后1-2周，症状会逐渐缓解;

3、肛门痉挛：如果是进行复杂的肛门手术，比如肛瘘切除术等，术后由于切口刺激，患者可能会出现肛门痉挛性疼痛，即肛门针刺样疼痛。建议及时使用盐酸哌替啶、硫酸阿托品等药物解除痉挛、止痛;

4、肛门感染：多是由于排便不注意卫生，手术创口被粪便等污染物感染所致。表现为局部红肿、疼痛，有时还会有渗液。可以遵医嘱使用高锰酸钾溶液坐浴，或者莫匹罗星软膏涂抹创面，以促进感染消退、止痛。

除以上因素外，还可能是因为肛瘘复发所致。做完肛瘘手术后部分患者可能会出现复发，表现为肛门肿胀、疼痛等不适症状，需要再次进行手术治疗。