咽炎扁桃体炎两个月不好可能是致病菌未被完全清除导致的。

咽炎和扁桃体炎通常由细菌或病毒感染引起，当致病菌没有得到有效的抗生素治疗时，可能会导致炎症持续存在，从而出现上述症状。建议进行血常规检查、咽拭子培养等明确病因，并接受相应的抗感染治疗。

咽炎扁桃体炎两个月不好还可能与患者自身免疫状态低下有关，此时需要通过提高机体免疫力来辅助治疗。

在治疗咽炎扁桃体炎的过程中，患者应注意休息，避免辛辣刺激性食物，保持充足的水分摄入，以促进病情恢复。