感染HPV39(人乳头瘤病毒39型)后难转阴，可能是患者体质差、免疫力低、持续感染、多个性伴侣等原因导致，需要根据具体情况进行治疗。

1、患者体质差：如果女性患者身体比较虚弱，在感染人乳头瘤病毒39型后，并且自身抵抗力比较差，这种情况下不容易清除体内的人乳头瘤病毒，会出现难以转阴的情况，此时需要合理进行锻炼，提高自身抵抗力，并且要注意多休息，避免性生活;

2、免疫力低：如果男性患者感染人乳头瘤病毒39型后，自身抵抗力比较强，体内的人乳头瘤病毒可以被抑制，但如果患者体质较弱，这种情况下可能会难以清除体内的人乳头瘤病毒，会出现感染人乳头瘤病毒39型后难以转阴的现象，需要在医生指导下合理使用抗病毒药物进行治疗，比较常用的药物有利巴韦林、阿昔洛韦等;

3、持续感染：当女性患者感染人乳头瘤病毒39型后，在经过一段时间的持续感染，体内的人乳头瘤病毒可能会被清除，但也可能会出现持续感染的情况，出现难以转阴的现象，此时需要在控制感染的情况下，通过手术切除局部病灶;

4、多个性伴侣：如果女性或男性患者感染人乳头瘤病毒39型后，有多个性伴侣，可能会同时感染另一方，导致女性感染人乳头瘤病毒39型，而男性感染人乳头瘤病毒39型后，可能未被及时清除，出现持续感染的情况，建议在控制感染的情况下通过手术进行治疗。

建议感染人乳头瘤病毒39型的患者及时就诊于妇科或者皮肤性病科，进行醋酸白试验、病理检查、细胞学检查等明确诊断。