小儿巨脑畸形综合征的治疗可能需要采用基因疗法、脑室腹腔分流术、神经发育训练、行为疗法和营养支持治疗。

1.基因疗法

基因疗法通过引入正常基因替代异常基因来发挥作用，具体做法是将经过修饰的健康基因导入患者体内。

此方法用于纠正特定遗传性疾病中的基因突变。在巨脑畸形综合征中，可考虑使用基因疗法针对相关致病基因进行修复。

2.脑室腹腔分流术

脑室腹腔分流术是一种外科手术，在影像引导下移除引起脑积水的原因，并建立一条通道使脑脊液流入腹腔以减轻压力。该手术适用于缓解由脑积水引起的症状如颅内高压。对于存在脑积水并发症的小儿巨脑畸形综合征患者，行分流术可能是必要选择。

3.神经发育训练

神经发育训练旨在促进大脑功能优化及受损区域恢复，包括认知、运动和语言康复等环节。针对小儿巨脑畸形综合症，此类训练有助于改善其认知缺陷及运动障碍。应在专业人员指导下制定个性化方案。

4.行为疗法

行为疗法涉及正面强化、消退策略以及暴露于可能导致焦虑情境中以减少恐惧反应。适合处理因巨脑畸形导致心理问题而引发之行为问题。需由经验丰富的临床心理学家执行系列程序。

5.营养支持治疗

营养支持治疗提供全面均衡饮食或特殊配方奶粉保证足够能量及各种微量营养素需求。当患儿存在吞咽困难或其他进食障碍时，营养支持有助于维持生命体征平稳并促进生长发育。

在实施任何治疗前，应评估患儿的整体状况，包括神经系统检查、头围测量以及必要的实验室检查，以确保安全有效地管理疾病。