苦参胶囊可以辅助治疗肛窦炎。

苦参胶囊中的苦参总碱有抗微生物的作用，能够抑制多种细菌及真菌生长，从而起到抗菌消炎的效果。而肛窦炎多是由于局部炎症刺激所导致的，因此可作为肛窦炎患者的辅助用药。

患者需注意药物可能出现的副作用，如口干、恶心等，并在医师指导下使用。

在服用苦参胶囊期间，应避免辛辣食物，保持良好的排便习惯，以减少肛窦炎的症状加重。