扁桃体炎伴有头痛可能是由病原体感染引起的免疫应答和炎症反应所致。
扁桃体炎是由特定病原体如链球菌、腺病毒等侵袭扁桃体所导致的急性化脓性炎症，当机体受到病原体入侵后，机体免疫系统会启动防御机制来对抗病原体，此时会产生大量的白介素-1β、肿瘤坏死因子α等促炎因子，这些因子能够促进巨噬细胞、中性粒细胞等炎症细胞向扁桃体处迁移，并且这些细胞还会分泌一些炎症介质，如前列腺素E2、白三烯B4等，这些介质具有扩张血管的作用，可使血液中的致痛物质如缓激肽、P物质等浓度增高，从而引起头痛的发生。
此外，如果患者存在睡眠呼吸暂停综合征，则在扁桃体发炎时由于肿大的扁桃体阻塞气道，导致夜间睡眠时出现反复打鼾和短暂的上呼吸道塌陷，进而影响通气功能，可能会诱发或加重上述不适症状。
因此，在诊断为扁桃体炎伴头痛的情况下，建议避免剧烈运动以减少头部血流量，减轻疼痛症状。同时注意休息，保证充足睡眠，有助于缓解症状。
