肛门指检后里面疼痛可能是由于指检过程中对肛门周围组织造成的机械性损伤引起的一种短期不适症状。

肛门指检时医生使用手指按摩直肠壁，可能导致局部黏膜受损，从而引起短暂的疼痛感。这种疼痛通常是自限性的，不必过于担心，但如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常表现，则应及时告知医生以便进一步诊治。

如果患者在指检后发现有血便、发热等症状，则可能表明存在炎症或其他疾病，需及时就医以排除结核病等感染性疾病的可能性。

在接受肛门指检后，应避免立即进行剧烈运动，以免加重肛门区域的不适感。同时注意观察自身症状变化，若疼痛加剧或伴随其他异常表现，应及时向医生咨询。