儿童排尿时阴茎疼痛可能由尿路感染引起，如淋病奈瑟菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎等疾病，这些疾病都可能导致尿道黏膜损伤和炎症反应。
尿道炎是由致病微生物引起的尿道黏膜炎症，可导致尿道充血水肿，当患者排尿时，尿液刺激受损的尿道黏膜，就会引发疼痛感。而淋病奈瑟菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎都是常见的尿道炎类型，其病因不同但症状类似，因此也会引起排尿时阴茎疼痛的症状。
如果患儿还伴有发热、呕吐等症状，则可能是泌尿系结石或异物导致的，需要进一步检查以确定具体原因。
在诊断孩子的排尿困难时，应考虑各种潜在原因，并建议家长带孩子到医院进行相关检查，以便及时发现并治疗任何潜在的问题。
