做完肛瘘手术后要痛1-2周，但具体时间与肛瘘的严重程度、手术方式，以及患者的恢复情况有关。如果为单纯性低位肛瘘，一般术后疼痛1周左右即可恢复。如果为高位肛瘘，由于手术创面较大，可能疼痛时间会相对较长，但一般都在1周以内。
1、单纯性低位肛瘘：如仅存在瘘管而无其他内口，则行肛瘘手术后，由于没有涉及括约肌，故疼痛时间较短，一般在术后1周左右疼痛症状可逐渐缓解;
2、高位肛瘘：术中有内口，且有外口，病变较复杂，手术创面相对较大，恢复时间相对较长，可能需要2周左右疼痛症状才会逐渐缓解;
3、复杂性低位肛瘘：如存在瘘管、内口，同时外口位置不佳，如外口离肛门较近，则手术后创面较大，恢复时间可能会相对较长，疼痛时间也会相对较长，可能需要1周左右;
4、其他情况：如果患者在术后恢复期间未注意局部清洁卫生，出现感染等情况，也可能会导致做完肛瘘手术后要痛的时间延长。
建议患者在肛瘘术后每天使用温水或稀释的高锰酸钾溶液进行坐浴，同时保持局部清洁卫生干燥，并注意多休息，多摄入肉、蛋、奶等营养丰富的食物，有助于促进伤口愈合。还需注意遵医嘱定期到医院复诊，以了解恢复情况。
