肚子不舒服时应避免进行肛门指检。

虽然肛门指检对于某些疾病的诊断有帮助，但在肚子不舒服的情况下进行可能导致不适感加剧，甚至引起疼痛或加重病情。因此，在确定病因前，应先缓解腹部症状再考虑是否需要进行肛门指检。

如果患者存在痔疮、肛裂等疾病，则不建议进行肛门指检，以免导致局部黏膜损伤加重，不利于疾病的恢复。

在进行肛门指检之前，应注意保持肛周清洁卫生，并且要放松心情，积极配合医生完成检查。