肛门闭锁可能与染色体异常有关，但并非所有病例均如此。

肛门闭锁通常是由胎儿时期肠道发育异常引起的，而这些异常可能与染色体异常有关，如13、15、18及21号染色体异常。但也可能是由其他因素导致的，例如遗传变异或其他未知原因。因此，为明确诊断，应考虑进行全面的基因检测和其他相关检查。

除了染色体异常外，肛门闭锁还可能与遗传代谢疾病、先天性巨结肠等有关。这些疾病可能导致直肠末端无法正常开放，从而引起排便困难。

在新生儿期或婴儿期发现肛门闭锁时，应及时进行手术治疗以建立正常的消化道通道。定期监测和评估患儿的生长发育状况以及可能出现的并发症是非常必要的。