40天的宝宝消化不良可以考虑使用婴儿健脾散、醒脾养儿颗粒、枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物进行治疗。但是，由于宝宝年龄较小，建议在儿科医生的指导下使用药物，并密切观察宝宝的病情变化。

1.婴儿健脾散

婴儿健脾散适用于40天宝宝因脾胃虚弱引起的食欲不振、消化不良等症状。本品能调理脾胃，改善食欲。

用法用量应遵照医师指导，不可随意增减剂量。

2.醒脾养儿颗粒

醒脾养儿颗粒用于治疗小儿厌食、腹泻等症时，可缓解消化不良的症状。该药具有醒脾开胃、养血安神的作用。对本品过敏者禁用，过敏体质者慎用。

3.枯草杆菌二联活菌颗粒

枯草杆菌二联活菌颗粒针对肠道菌群失调导致的消化不良有效。此药通过调整正常菌群来抑制致病菌过度繁殖，从而达到治疗目的。本品需密封保存于阴凉干燥处，避免阳光直射。

4.双歧杆菌三联活菌胶囊

双歧杆菌三联活菌胶囊对于由体内缺乏有益菌群所引起的消化不良有较好的效果。本品能够直接补充人体所需的正常生理活菌，调节肠道菌群平衡。本品为活菌制剂，切勿将本品置于高温条件下贮藏。

此外，建议家长密切观察孩子的病情变化，及时就医并完善相关检查以确定病因。必要时可在医生指导下使用肠道外营养支持治疗，如复方氨基酸注射液和脂肪乳注射液，以满足患者的基本代谢需求。