孕妇扁桃体炎后咳嗽主要是由细菌感染引起的局部炎症反应所致。

扁桃体炎是由致病微生物引起的腭扁桃体的急性炎症，常伴有不同程度的咽黏膜及淋巴组织炎症。该疾病多为乙型溶血性链球菌等致病菌侵袭机体所诱发，在炎症因子的作用下，会引起扁桃体部位充血肿胀，并且会累及邻近器官和组织，从而引发咳嗽症状。若未及时治疗，炎症持续发展，可能会对胎儿产生不利影响，因此需要积极进行药物治疗以控制病情。

如果患者对某些食物过敏或存在慢性支气管炎、哮喘等呼吸系统疾病史，则可能因为免疫系统的过度反应而出现咳嗽加剧的现象。

孕期扁桃体炎需注意休息，避免辛辣刺激性食物，保持充足水分摄入。同时，应密切监测咳嗽变化以及胎儿状况，以免因不适导致情绪紧张，加重不适症状。