新生婴儿肛瘘是先天性疾病，因为其由胚胎期直肠与肛门发育异常引起。

新生婴儿肛瘘源于胚胎期直肠与肛门之间的生理解剖关系异常，这些关系包括直肠末端与肛门之间的正常解剖结构以及两者之间的正常生理闭合线。当这些关系因遗传或其他因素而发生异常时，可能会导致直肠末端与肛门之间的连接不

完整，从而形成一个通向肛门外的开口，即肛瘘。

此外，如果新生儿患有巨球蛋白血症、结核病等感染性疾病的可能也会出现肛瘘的症状，但较为少见。

家长在日常生活中要关注新生儿的排便情况，定期清洁肛周区域，并注意观察有无异常分泌物或红肿等症状。如有疑问或不适，应及时就医以明确诊断并接受适当治疗。