三个月宝宝大便困难可能由多种原因引起，如奶粉配方不适合、喂养不足、缺乏水分摄入等。

三个月宝宝的大脑和神经系统尚未完全发育成熟，无法自主控制排便时间和频率，因此容易出现大便困难的情况。此外，宝宝的肠胃道消化系统也未完全发育健全，对某些食物成分可能存在不耐受或过敏反应，这也可能导致大便困难。针对这种情况，家长应注意观察宝宝的排便规律，并调整饮食结构，必要时可咨询医生进行相关检查和诊断。

若宝宝伴有腹胀、呕吐等症状，则可能是由于肠道梗阻引起的便秘，需及时就医以排除器质性病变。

在处理三个月宝宝大便困难的问题时，应避免使用粗纤维的食物来促进排便，以免增加宝宝的不适感。同时，确保提供足够的液体摄入量对于软化大便至关重要。