南通治疗男科疾病的医院有南通大学附属医院、南通市第一人民医院、南通市中医院、南通市第六人民医院、南通市妇幼保健院等，建议患者根据自身情况选择合适的医院就诊。

1.南通大学附属医院

南通大学附属医院是集医疗、教学、科研为一体的大型综合医院，在男科疾病的诊治方面具有丰富的经验。该医院拥有一支专业的男科医生团队，能够为患者提供个性化的诊疗方案，有效解决各种男性健康问题。

2.南通市第一人民医院

南通市第一人民医院是一所三级甲等综合性医院，设有独立的泌尿外科，可满足各类男科疾病患者的就医需求。该院泌尿外科设备先进，技术力量雄厚，擅长开展微创手术治疗复杂性前列腺增生症等疑难病症。

3.南通市中医院

南通市中医院是一家集医疗、教学、科研于一体的综合性中医医院，设有男科门诊，可为广大男性患者提供优质服务。该医院秉承传统中医药特色，采用中药内服外敷、针灸推拿等多种方法治疗男性不育、阳痿早泄等常见病及部分疑难杂症。

4.南通市第六人民医院

南通市第六人民医院是一所三级乙等综合性医院，设有泌尿外科，可处理多种男科疾病。该科室拥有先进的诊疗设备和技术，能有效地诊断和治疗勃起功能障碍、射精障碍等问题。

5.南通市妇幼保健院

南通市妇幼保健院是一家以妇女儿童保健为主的医疗机构，也提供男科医疗服务。该医院注重预防保健与临床治疗相结合，针对男性生育能力评估、精子质量检查等方面给予专业指导和解决方案。

建议患者在选择医院时要考虑交通便利性和就诊环境舒适度等因素。同时关注个人隐私保护以及医院的服务态度，确保得到良好的就医体验。