磁共振检查2毫米的肝囊肿属于相对较小的囊肿，如果没有任何临床症状，暂时不需要治疗，定期复查即可。肝囊肿是一种良性病变，大多数是先天性原因所致，只有少数是因为炎症、创伤、肿瘤等因素导致。

1、先天性原因：胎儿在母体内发育时可能会导致肝脏组织发育异常，引起肝囊肿，超声检查可以发现肝脏内有2毫米大小的液性暗区，如果囊肿较小，一般不会出现临床症状，通常不需要特殊治疗，遵医嘱定期复查即可;

2、炎症：常见于急性肝炎、慢性肝炎等，主要是由于炎症刺激肝脏，导致肝脏组织损伤，炎症愈合后可能会形成瘢痕，导致肝脏部位出现2毫米大小的囊肿，患者可能会伴有恶心、呕吐、腹胀等症状。如果存在急性肝炎，可以遵医嘱使用复方甘草酸苷片等药物进行治疗。如果是慢性肝炎，可以遵医嘱使用谷胱甘肽片等药物进行保肝治疗;

3、创伤：如果外伤导致肝脏损伤，引起肝囊肿，可以通过手术切除治疗，达到缓解症状的目的;

4、肿瘤：如肝血管瘤、肝癌等，由于肝脏细胞异常增生，可导致2毫米的肝囊肿，如果有腹痛、黄疸等临床症状时，需要考虑手术治疗或者穿刺引流治疗。

除上述情况外，如果存在胆管癌，也会导致肝脏2毫米大小的囊肿，患者可以通过手术切除肿瘤或者通过化疗、放疗等方式进行治疗。如果磁共振检查发现肝囊肿2毫米时，建议进一步检查明确诊断，通过增强CT或者核磁共振等明确诊断，如果有临床症状需要及时遵医嘱治疗。