两个多月的宝宝阴茎短小可能是尿道下裂、隐睾、先天性肾上腺皮质增生、染色体异常、基因突变等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议及时就医，以便进行专业评估和治疗。

1.尿道下裂

尿道下裂是指男性外生殖器部位尿道开口位置异常，导致排尿困难和阴茎短小。这是由于胚胎发育过程中尿道板前缘未完全融合所致。手术矫正是一种常见的治疗方法，如阴茎伸直术、包皮成形术等。

2.隐睾

隐睾是指新生儿出生后单侧或者双侧阴囊内没有发现睾丸的一种病症，此时可能会出现一侧阴囊空虚的情况，从而表现为阴茎短小的现象。对于6个月以内的患儿，可以使用绒毛膜促性腺激素进行注射，促进其自行下降至阴囊内，如果超过1岁则需要通过手术的方式将睾丸固定于阴囊内。

3.先天性肾上腺皮质增生

先天性肾上腺皮质增生是由于肾上腺皮质激素合成通路中的关键酶缺乏导致的，会引起雄激素水平升高，进而影响生殖器官的正常发育，导致阴茎短小。患者可以在医生指导下使用糖皮质激素类药物进行替代治疗，比如氢化可的松、地塞米松等。

4.染色体异常

染色体异常可能导致生殖系统发育不全，包括阴茎短小。确诊通常需进行染色体分析，可能涉及血液、唾液或其他组织样本采集。

5.基因突变

某些与生殖系统发育相关的基因突变可能导致阴茎短小。基因检测可以帮助识别特定突变，但并非所有情况下都必需。

建议定期监测孩子的生长发育情况，特别是在婴儿期和幼儿期，以便及时发现并处理任何潜在的问题。必要时，家长应带孩子到正规医院进行内分泌功能测定、超声波检查以及染色体分析等，以评估孩子的整体健康状况。