孕妇三个月一般不能查耳聋基因，通常在怀孕12周以后，可以通过耳内镜、听力筛查以及耳部CT检查来排除耳聋基因。孕妇在怀孕期间身体比较特殊，而且会出现各种各样的生理性反应，因此孕妇在怀孕期间应特别注意个人的身体，不可擅自服用药物。

1、耳内镜：一般孕妇在怀孕三个月时不能查耳聋基因，通常可以在怀孕4个月时，到医院通过耳内镜检查来排除耳聋基因。耳内镜检查的准确度比较高，而且还能够观察到耳道内的结构以及病变情况，可针对耳聋进行早期诊断;

2、听力筛查：通常在怀孕9-11周时，需要到正规医院的耳鼻喉科进行听力筛查，通过听力筛查可判断出孕妇是否存在听力下降的情况。如果孕妇存在听力下降的情况，则可能会导致胎儿出现先天性耳聋;

3、耳部CT检查：一般孕妇在怀孕三个月时，还可以到医院进行耳部CT检查，能够判断胎儿是否存在耳朵结构异常以及畸形等问题。如果胎儿存在耳朵结构异常的情况，也可能会导致胎儿先天性耳聋;

4、其他方面：如通过血常规检查、肝肾功能检查、唐氏筛查等，也可以判断胎儿是否存在耳聋基因。

孕妇在怀孕期间需要根据医生的指导定期到医院进行产检，而且还要避免情绪过于激动或者紧张。同时还要根据天气变化加减衣物，避免受风着凉而出现感冒等情况，以免增加胎儿先天性耳聋的几率。