做完肛瘘手术还要流脓，考虑可能是伤口感染引起，通常需要进行消毒、抗感染治疗及换药等处理，具体还需要到肛肠外科门诊复诊，由医生通过视诊明确脓液的具体情况后进行处理。

1、消毒：做完肛瘘手术后局部伤口流脓，首先应使用碘伏等消毒剂将创面进行清创处理，防止局部感染加重，及时将脓液清理干净后可促进伤口愈合;

2、抗感染治疗：在做完肛瘘手术后，由于肛周伤口的炎症刺激，患者可能会出现流脓的情况。此时脓液较少，可使用碘伏或者双氧水进行局部消毒。但如果伤口较深、较大或者创面较脏，单纯使用消毒水对伤口进行清理，可能会导致局部细菌繁殖而加重感染症状，因此还需使用抗生素进行全身抗感染治疗，如口服头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊或者红霉素肠溶片等;

3、换药：做完肛瘘手术后由于肛门有创面，患者排便可能会污染创面且不利于伤口愈合，此时应由专业医生在肛门周围涂抹油性医用敷料，如鱼肝油纱布等，并且需将肛门周围的油性医用敷料进行包扎，在包扎的同时也有助于使创面表面保持干燥并且利于愈合;

4、其他处理：做完肛瘘手术还要流脓，通常需在医生指导下使用温盐水坐浴，或者遵医嘱外用龙珠软膏、马应龙麝香痔疮膏等药物减轻局部炎症，还可使用高锰酸钾溶液进行温水坐浴，促进肛周血液循环并减轻疼痛症状。

此外，如果患者合并内痔等疾病，肛瘘术后依旧会出现流脓的情况，则需进行针对内痔的手术治疗，如切除内痔等。