HPV打了两针感染HPV，可能是因为性生活不注意卫生、免疫力低下、医源性感染、母婴传播等因素导致，需要根据不同原因进行治疗，避免病情加重。

1、性生活不注意卫生：HPV主要是通过性生活进行传播，如果在打HPV疫苗期间有过不洁性生活，或者是有多个性伴侣，容易造成交叉感染，从而导致HPV打了两针感染HPV，一旦感染后会增加宫颈癌发生的风险。一旦发现后建议患者及时进行抗病毒治疗，比如遵医嘱使用重组人干扰素α2a栓等药物，抑制HPV感染;

2、免疫力低下：部分女性由于免疫力低下，在接种HPV疫苗后，无法达到完全保护的效果，也会发生HPV感染，因此在接种前需要检查是否对疫苗过敏，如果对疫苗过敏则不能接种，如果不过敏则可以接种;

3、医源性感染：如果在接种HPV疫苗后，就医过程中存在医疗操作，或者医护人员刚好带有HPV病毒，在接触患者后就会造成HPV感染。因此在接种前需要进行必要检查，判断是否能够进行不必要的医疗处理，避免对患者身体造成损害;

4、母婴传播：HPV病毒可通过母婴传播，如果孕期在不正规的医院接种HPV疫苗，就可能会通过脐带传染给胎儿，从而造成胎儿感染HPV。所以如果本身存在HPV感染的情况，在生产后需要注意做好防护措施，避免新生儿感染HPV。

HPV疫苗主要是预防宫颈癌的发生，如果条件允许的情况下可以接种HPV疫苗。但需要注意的是，即使接种HPV疫苗，也要定期进行宫颈癌筛查。