肛门指检后腹痛难忍可能是生理因素导致的，也有可能是病理因素引起的，比如痔疮、直肠炎等。患者需要根据病因对症治疗。

一、生理性因素

如果在进行肛门指检时，检查力度过大或者时间过长，可能会刺激到局部组织，从而出现疼痛的症状。一般不需要特殊处理，在休息一段时间之后能够慢慢恢复。

二、病理性因素

1.痔疮：如果本身患有痔疮，在做肛门指检的时候会加重病情，引起腹部不适感。此时可以在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏等药物涂抹患处进行改善。必要时也可以采取手术切除的方式进行治疗。

2.直肠炎：由于炎症长期刺激会导致黏膜充血肿胀，并且还会伴随着明显的压痛感。此时可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等抗生素类药物控制感染。同时还要注意饮食清淡，避免吃辛辣刺激的食物。

除此之外，还可能与肠道肿瘤有关。建议及时就医进行相关检查，排除风险。