肛瘘最严重的后果是癌变。肛瘘又被称为肛管直肠瘘，是由肛管、直肠脓肿导致，主要症状是肛门周围有反复从瘘口流出的脓性或血性分泌物，并且伴有肛周瘙痒、潮湿等症状，如果不及时治疗，可能导致大便失禁、肛门狭窄，甚至诱发癌变。

如果肛瘘发病后，长时间得不到有效治疗，最严重的后果就是诱发癌变。因为肛瘘不治疗，可能使肛周反复受到炎症、分泌物刺激，使瘘管异常增生出现息肉、肿瘤等情况，如果还不能得到有效治疗，可能导致癌变。当发生癌变后，肿瘤可随血液、淋巴液等途径转移至其他部位，甚至危及生命。癌变是肛瘘最严重的后果，但是发生的概率比较低。

肛瘘常见的不良后果有肛门狭窄和大便失禁，可严重影响日常工作及生活，所以出现肛瘘后需要积极就医，在医生指导下进行手术切除瘘管治疗。