做了肛瘘手术后肛门不适可能是正常现象，也有可能是伤口感染、便秘等原因导致的。

一、正常现象

如果患者在进行肛瘘手术时，医生操作不当，可能会对局部组织造成损伤，在术后会出现疼痛的症状。一般属于正常的生理现象，不需要过分担心，可以通过温水坐浴的方式进行缓解，也可以遵医嘱配合使用高锰酸钾溶液冲洗患处进行改善。

二、伤口感染

如果个人免疫力低下，而且不注意术后的护理工作，可能会使细菌侵入到伤口部位，从而出现化脓的情况，也会伴有红肿、刺痛等症状。此时可以遵医嘱配合使用阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等药物进行治疗，同时还要做好伤口部位的清洁与卫生，避免沾水。

三、便秘

由于做完手术以后，会导致肠道蠕动减慢，所以会诱发便秘的情况发生。此时可以在医生的指导下服用乳果糖口服液、麻仁润肠丸等药物进行治疗，能够起到软化大便的作用，有利于病情的恢复。

除此之外，还有其他原因，如伤口愈合不良等，建议及时就医处理。