肛门指检时有疼痛感可能是正常现象，也有可能是外伤、痔疮、肛裂等疾病导致的。

一、非病理因素

1.正常现象：在进行肛门指检的时候，如果手指比较粗大，在进入肛管内会刺激到局部组织，从而引起轻微的不适。一般属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，建议患者放松心情，避免过度紧张。

二、病理性因素

2.外伤：如果近期有过剧烈运动或受到过撞击等情况，可能会对肛周造成一定的损伤，出现上述症状。可以在医生指导下使用活血止痛胶囊、三七片等药物进行改善，同时还要注意卧床休息，避免下地活动。

3.痔疮：通常是由于不良排便习惯引起的，患病以后会导致肛门部位出现肿胀以及疼痛的情况，并且还有可能会伴随着瘙痒的症状。可以遵医嘱服用痔速宁片、槐角丸等药物进行治疗，也可以通过温水坐浴的方式进行缓解。

4.肛裂：是指发生在肛管皮肤全层的破裂后形成的小溃疡，主要表现为肛门部位撕裂样或者刀割样的剧痛，还可能伴有出血等症状。可遵医嘱采取高锰酸钾溶液坐浴的方法进行处理，能够促进伤口愈合，必要时也可采取手术缝合等方式进行治疗。

除此之外，也不排除与直肠炎等原因有关。如果通过上述方法，病情无法得到明显改善，则需要及时就医。