男人小便时出现尿道刺痛的原因较多，可能是由于细菌、真菌、支原体、衣原体等致病菌感染导致，也可能是由于神经性疼痛导致。需要根据导致上述症状的不同原因，采取不同的药物治疗。

1、细菌感染：通常见于尿路感染，尤其是下尿路感染时，如膀胱炎，会造成膀胱颈部黏膜水肿糜烂，当有尿液经过膀胱颈部时，会对糜烂的膀胱颈造成刺激，从而出现排尿刺痛。患者可以通过口服抗生素进行治疗，常用的有左氧氟沙星、头孢克洛、磷霉素等;

2、真菌感染：如霉菌性尿道炎，患者会出现尿道刺痛，尿道口有白色分泌物形成。患者可以通过口服酮康唑、伊曲康唑等抗真菌药物进行治疗;

3、支原体、衣原体感染：如果是支原体、衣原体感染引起的尿道炎，患者可以口服多西环素、阿奇霉素、罗红霉素等药物进行治疗;

4、神经性疼痛：如果患者存在腰椎方面的问题，如腰椎间盘突出、腰椎滑脱等，压迫到神经而引起小便时尿道刺痛。患者可以通过口服布洛芬、塞来昔布等止痛药物进行治疗，同时可配合口服甲钴胺、维生素B1等营养神经药物进行治疗。

如果经过上述药物治疗没有明显效果，且症状呈进行性加重，建议及时到医院就诊，进行相关检查，如尿常规、尿培养、泌尿系统CT检查等，明确病因后进行针对性治疗。此外，在治疗期间需多饮水，适当多休息，避免过度劳累、熬夜等。