锥切后两年HPV59阳性，可能是因为再次感染HPV病毒或者有性生活，也可能是因为宫颈癌病变。建议患者进行进一步检查，明确原因后，在医生的专业指导下进行治疗。

1、再次感染HPV病毒：锥切一般是指宫颈锥形切除术，可以用于治疗宫颈高级别病变和宫颈癌前病变，通过切除病变组织达到治疗疾病的效果。锥切后身体免疫力低下，如果患者不注意卫生或生活习惯不佳，可能会导致再次感染HPV病毒，就可能会引起HPV59阳性。患者可以遵医嘱使用重组人干扰素α2a栓、注射用重组人干扰素α2a进行治疗;

2、有性生活：如果患者在锥切后两年内有性生活，可能会导致HPV病毒传染至对方，也会出现HPV59阳性。建议患者在锥切术后避免不洁性生活，如果伴侣也有感染HPV病毒的情况，要及时到医院进行检查，明确是否感染。如果已经感染，需要夫妻双方同时治疗;

3、宫颈癌：如果患者锥切后两年，宫颈癌前病变进一步发展成宫颈癌，也可导致HPV59阳性。宫颈癌是妇科常见恶性肿瘤之一，如果早期发现，可以通过手术达到治愈效果。如果已经到了疾病的中晚期，则需要结合化疗、放疗、靶向治疗等综合治疗;

4、其他：如果女性本身存在免疫力低下的情况，如糖尿病、高血压等，或者长期服用免疫抑制剂、糖皮质激素等药物，也可能会导致免疫力下降，继而出现锥切后两年HPV59阳性的情况。患者在锥切后应注意休息，避免熬夜，避免过度劳累等。