精子畸形是否会自动流掉，需要根据具体情况判断。如果是生理性因素引起的精子畸形，一般会自动流掉；如果是由病理性因素引起的精子畸形，则不会自动流掉。

一、会自动流掉

1.生理性因素：正常情况下，男性的精液中会有一定比例的异常精子，通常在20%左右。如果没有其他不适症状，一般是正常的生理现象，不需要特殊治疗，也不会影响生育能力。

二、不会自动流掉

1.感染性因素：由于生殖道受到细菌或病毒等致病菌的感染，可能会导致精子发生变性和死亡，从而出现精子畸形的情况。此时患者可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物进行抗感染治疗，也可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、红霉素软膏等药物缓解病情。

2.不良生活习惯：长期吸烟酗酒或者经常熬夜，会导致体内的内分泌失调，也会引起精子畸形的现象。建议患者及时戒烟戒酒，并且要保持充足的睡眠时间，能够有效改善症状。

3.免疫系统疾病：如自身免疫性疾病、遗传性疾病等，可使机体产生针对精子的抗体，破坏精子结构，造成精子畸形。对于这种情况，可以遵医嘱口服醋酸泼尼松片、地塞米松片等糖皮质激素类药物控制炎症反应，必要时还可以通过手术切除病变部位的方式进行治疗。

除此之外，还可能与睾丸炎、附睾炎等原因有关，建议患者及时就医，在医生指导下对症治疗。