肛门指检里面有破口可能是由于痔疮、肛裂等疾病导致的。患者需要根据不同的病因对症治疗。

1.痔疮：如果患者长期不良饮食习惯或者排便时间过长等因素可能会诱发痔疮的发生。当患者的病情加重时，在进行肛门指检的时候就会出现有破口的情况发生。此时可以在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏等药物来进行局部涂抹缓解症状。必要时候也可以通过手术的方法来切除病变部位，比如吻合器痔上黏膜环切术等。

2.肛裂：肛裂是指齿状线以下肛管皮肤全层的小溃疡，其方向与肛管纵轴平行，呈梭形或椭圆形，因而造成肛门疼痛、大便出血等症状。在进行肛门指检的时候也会发现肛门里面存在破口的现象。对于轻度肛裂可以遵医嘱外用利多卡因凝胶贴膏等药物止痛；而对于严重的肛裂，则可以通过肛裂切除术等手术方法进行治疗。

建议患者平时要养成良好的生活习惯和饮食规律，保持自身的清洁卫生，避免细菌滋生引起感染。同时也要注意休息，不要过度劳累。如有不适，请及时前往医院就医。